本系成立於1962年9月，主旨是培植學生對數學的基本觀念，以作高深學理探討，造就優秀數學人才；更為國家增加實用科學人才。本系於1985年成立應用數學研究所，提深數學研究，培養數理實用科學人才；於1995年改名為數學研究所，並成立了博士班，使學生能再更上一層樓的領域。進入高深數學研究的殿堂。自91學年度起本系所更名為應用數學系(所)，大學部並分為數學學程、統計學程及資訊科學學程；研究所分為數學、統計及資訊科學等三組，數學組主要為數學及應用數學，統計組主要為統計理論及應用，資訊科學組主要為資訊理論及應用。2006年成立碩士在職專班，並分為數學組、精算與財務組。
中原物理學系創立於民國四十四年，為本校四個最先成立的學系之一，迄今已逾六十餘年。民國六十三年，為擴展研究並培植高科技人才，特成立應用物理研究所碩士班，師資由物理學系及工學院有關各學系組成。
本系創立於民國四十四年，經六十餘年不斷努力求新，已擁有一流的師資和設備，民國六十三年與化工系共同成立應用化學研究所，並於民國七十年與化工系分別獨立，應化所於民國七十年分為化學工程研究所及化學研究所，七十二年獲教育部核准成立博士班，使本系對學術之研究與實際之應用有更密切的配合，八十八年為因應國內社會經濟變遷，並響應教育部配合國家建設人力需求及學校校務發展計劃，重新評估，減併與調整現有系所及招生名額之呼籲，將化學系分成化學組及材料化學組，兩組各招收一班，並同時成立碩士在職進修專班。 在理論與實際並重的嚴格考核下，學生素質不斷的提高。畢業後出國深造或服務於工業界，均有傑出之表現，為本系建立良好的聲譽。
